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　　我國生物燃料乙醇產業來取得顯著成果，但作為一個新興產業，生物燃料乙醇產業的發展尚處于起步階段，產業發展面臨著許多問題。為保障國家糧食安全，以糧食為原料的燃料乙醇產業發展受到一定影響；國家雖然鼓勵非糧原料燃料乙醇和纖維乙醇（第二代生物燃料）產業的發展，但是受制于非糧原料的供應和纖維乙醇技術成熟度的影響，第二代生物燃料纖維乙醇的技術發展有待進一步突破。我國能源主管部門和若干企業對“非糧”纖維素乙醇寄與厚望，近年來投入大量人力、物力進行開發，取得了重大進展，但總體上距經濟效益真正“過關”的大規模產業化尚有較大距離。
　　目前我國燃料乙醇產業化應用主要存在問題包括：（1）乙醇汽油生產的經濟問題。生產成本過高是制約我國生物燃料乙醇產業發展的主要因素，因此，要加快燃料乙醇產業的發展，必須研發低成本生產工藝。（2）政府扶持力度減小。我國燃料乙醇產業發展的初期，國家通過財政補貼等優惠政策促進其發展，隨后的補貼力度逐漸減小。自2015年1月1日起國家將取消變性燃料乙醇定點生產企業的增值稅先征后退政策，同時以糧食為原料生產用于調配車用乙醇汽油的變性燃料乙醇也將恢復征收5%的消費稅。財政補貼的縮水，糧價上漲，加之原油價格斷崖式下跌，三項疊加使得燃料乙醇行業環境急劇惡化，行業利潤被不斷侵蝕。
　　針對上述存在的問題，我國應參照美國、巴西等國家發展生物燃料乙醇的經驗制定強制性可再生燃料標準，規定運輸燃料中必須摻入一定比例的可再生燃料，以此推動生物燃料乙醇和乙醇汽油的推廣。另外，在可再生能源發展基金中明確對生物燃料乙醇、尤其是纖維素燃料乙醇項目建設和產品推廣的常態化支持，建議綜合利用財政政策、金融政策、稅收政策、價格政策等手段，大力扶持非糧燃料乙醇尤其是纖維素質原料生產燃料乙醇。